我们首先需要解决两个核心问题：

1. B公司坚持直接付款给C公司时，A公司如何通过补充协议规避风险？
2. 合同履行期的确定以及过期后签订补充协议的可行性。

针对第一个问题：
根据用户描述，A公司与B公司签订了固定单价可调总价的建设工程施工合同（500万），A公司分包给C公司（295.92万）。B公司已支付100万给A公司，A公司转付90万给C公司。现在B公司想将剩余400万直接付给C公司，并让A公司办理农民工工资保函。

风险点分析：

• B公司直接付款给C公司，可能绕过A公司的监管，导致A公司无法收取管理费和税金（管理费2%，税金9.57%），同时也可能使A公司丧失对工程的控制。
• A公司仍需对C公司的施工质量、工期等向B公司负责，若C公司出现问题，A公司仍需承担责任。
• A公司对C公司仍有205.92万元未支付，同时B公司未付400万，存在债务风险。

补充协议的设计目标：
确保A公司作为总包方的管理权、收款权（管理费和税金）不受损害，同时明确各方责任。

建议补充协议内容（三方协议）：

1. 付款路径调整：允许B公司将剩余工程款直接支付给C公司，但必须满足以下条件：

   • B公司每次付款前需获得A公司的书面确认（防止超额付款）。
   • 付款金额需扣除A公司应得的管理费（2%）和税金（9.57%），即B公司实际支付给C公司的金额为：应付金额 × (1 - 11.57%)，剩余11.57%应同步支付给A公司。
   • 例：若B公司支付100万给C公司，则需同时支付11.57万给A公司。

2. 债务抵消条款：明确B公司直接支付给C公司的款项，可等额抵消A公司对C公司的应付债务（205.92万元）。即：

   • 当B公司支付X元给C公司时，A公司对C公司的债务减少X元。
   • 当累计支付达到205.92万元时，A公司对C公司的债务清零。

3. 保函责任：A公司同意办理农民工工资支付保函，但：

   • 相关费用由B公司承担（或从工程款中扣除）。
   • C公司需向A公司提供反担保（如履约保函），以规避A公司因保函被索赔的风险。

4. 责任划分：明确C公司直接收款后，仍由A公司对B公司承担总包责任。若因C公司原因导致工程质量、工期等问题，A公司先行向B公司承担责任后，有权向C公司全额追偿。

5. 争议解决：约定仲裁/诉讼管辖地（优先选择A公司所在地）。

针对第二个问题：
合同履行期的确定：

• 根据用户提供：合同签订于2023年3月1日，计划竣工日期为2023年11月15日。
• 合同履行期通常指合同生效至合同义务履行完毕的期间。建设工程施工合同的履行期包括施工期、验收期、保修期等。
• 依据《民法典》第789条：建设工程合同的内容包括工程范围、建设工期等。建设工期是合同履行期的核心部分。
• 本案例中，计划工期为2023年3月1日至2023年11月15日，共约8.5个月（259天）。但实际履行期可能因工程变更、延期等因素延长。

法律依据：

• 《民法典》第510条：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充。
• 《民法典》第544条：当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。

过期后签订补充协议的可行性：
即使过了计划竣工日期（2023年11月15日），只要合同尚未完全履行完毕（如未结算、未验收），双方仍可签订补充协议。理由：

1. 合同履行期虽过，但合同权利义务关系仍存在（如结算、保修、债务清理）。
2. 补充协议是对原合同的变更或补充，只要双方协商一致，且不违反法律强制性规定，即为有效。
3. 特别提示：若工程已竣工且结算完成，则合同履行完毕，此时再签补充协议只能针对新增事项（如保修延长），不能改变已结算的债务。

结论：
即使过了计划竣工日期，只要双方对未决事项（如付款方式、债务抵消）达成一致，仍可签订补充协议。但需注意：

• 若工程已竣工验收且结算完成，则原合同债务已固定，补充协议不得推翻已确定的债权债务（除非双方同意变更）。
• 若工程存在延期，补充协议中应明确延期责任划分。

补充协议签订的时间建议：
立即签订，以避免B公司擅自付款给C公司造成既成事实。

协议名称建议：
《关于XXX项目工程款支付及债务处理的补充协议（三方）》

注：所有条款需由A、B、C三方共同签署生效。