我们正在处理一个建设工程施工合同纠纷，涉及三方：A公司（总包）、B公司（发包方）、C公司（分包方）。B公司已支付100万给A公司，A公司支付90万给C公司。现在B公司想将剩余400万直接付给C公司，并让A公司办理保函。用户作为A公司法务，需要规避风险并拟定补充协议。

关于用户的问题：

1. 如果B公司执意不通过A公司付款，如何签订补充协议规避风险？
2. 合同履行期的计算及法条依据（合同签订日2023年3月1日，计划竣工日2023年11月15日）
3. 过了合同履行期是否还能签订补充协议？

一、B公司执意直接付款给C公司的补充协议设计

即使B公司坚持直接付款，A公司仍可通过三方补充协议控制风险。协议核心条款应包括：

1. 债务抵消条款：约定B公司每笔支付给C公司的款项，等额抵消A公司对C公司的债务（205.92万元）。例如：

   "B公司向C公司支付的款项，优先用于清偿A公司对C公司的未付债务（205.92万元）。当B公司累计支付金额达到205.92万元时，A公司对C公司的债务视为履行完毕。"
   依据：债务抵消是《民法典》第568条规定的法定权利2。

2. 管理费与税金扣缴：要求B公司在每次付款前，按比例（管理费2%+税金9.57%）同步支付给A公司。例如：

   "B公司直接支付给C公司的每笔款项，应同步向A公司支付相当于该款项11.57%的费用（作为管理费及代缴税费）。"
   依据：原合同约定A公司有权收取这些费用，补充协议可细化执行方式2。

3. 保函责任转移：明确A公司办理的保函责任由C公司实际承担：

   "C公司需向A公司提供反担保保函，若因农民工工资支付问题导致A公司被追索，C公司须赔偿A公司全部损失。"
   依据：《建设工程施工合同示范文本》（GF-2017-0201）要求分包方承担连带责任6。

4. 质量责任保留：即使B公司直接付款，A公司仍保留对工程质量的追偿权：

   "C公司接受B公司直接付款的行为不影响A公司作为总包方的质量责任，若因C公司施工导致质量问题，A公司向B公司赔偿后有权向C公司追偿。"
   依据：《建筑法》第29条规定总包方对分包工程负连带责任3。

协议名称建议：《工程款支付及债务处理三方补充协议》
法律效力：需A、B、C三方签署，并明确"本协议与原合同冲突时以本协议为准"（《民法典》第543条）2。

二、合同履行期计算及法条依据

1. 合同履行期计算：

   • 开工日：2023年3月1日（合同签订日）
   • 竣工日：2023年11月15日
   • 总日历天数：259天（3月1日至11月15日，含首尾两日）。
     计算说明：3月（31天）、4月（30天）、5月（31天）、6月（30天）、7月（31天）、8月（31天）、9月（30天）、10月（31天）、11月15天，合计259天。

2. 法条依据：

   • 《民法典》第789条：建设工程合同应明确建设工期（含开工、竣工时间）10。
   • 《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）第1.1.4.3条："工期总日历天数"以实际签署日期为准6。

三、合同履行期届满后补充协议的合法性

1. 可以签订的情形：

   • 工程未完全结算：虽然计划竣工日已过，但若工程存在未结算款项、未清理债务或保修义务未履行完毕，可签订补充协议（《民法典》第510条）2。
   • 债务关系存续：B公司欠付400万元工程款、A公司欠付C公司205.92万元债务仍有效，补充协议可对这些债务处理重新约定（《民法典》第544条）2。

2. 限制条件：

   • 不得违反法律强制性规定（如逃避税款或规避资质要求）（《招标投标法》第46条）3。
   • 不得损害第三方利益（如农民工工资支付责任）3。

3. 法律依据：

   • 《民法典》第543条：当事人协商一致可变更合同。
   • 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第2条：工程价款结算争议不受履行期限制。

四、A公司操作建议

1. 立即签订三方协议：无论是否超过履行期，均应立即与B、C公司签订补充协议，明确付款路径、债务抵消及责任划分。
2. 协议备案：将补充协议向工程所在地住建部门备案（《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》第10条）3。
3. 争议解决条款：协议中约定仲裁条款（如："因本协议产生争议提交XX仲裁委员会仲裁"），避免诉讼管辖争议8。

总结：合同履行期已过（2023年11月15日届满），但因债务未清偿，补充协议仍可签订。A公司应通过三方协议将B公司直接付款行为转化为债务抵消工具，同时保留管理费收取权及质量追偿权，彻底隔离风险。