根据题意，我们知道果蝇体节发育与两对等位基因M、m和N、n有关，其中一对基因具有母体效应，另一对基因没有母体效应。我们需要判断哪对基因是母体效应基因。

首先，我们逐个分析选项：

A. MmNn：这个个体的基因型中，M对m为显性，N对n为显性，所以它不应该体节缺失。但是题目中给出这个个体体节缺失，这与题意矛盾，所以这个选项不能帮助我们判断哪对基因是母体效应基因。

B. MmNN：这个个体的基因型中，M对m为显性，N对n为显性，所以它不应该体节缺失。但是题目中给出这个个体体节缺失，这与题意矛盾，所以这个选项不能帮助我们判断哪对基因是母体效应基因。

C. mmNN：这个个体的基因型中，m对M为隐性，N对n为显性。如果M、m这对基因是母体效应基因，那么由于母本是mm，子代就会体节缺失，与子代自身的基因型无关。而N、n这对基因没有母体效应，所以子代的NN基因型不会导致体节缺失。因此，这个个体体节缺失可以说明M、m这对基因是母体效应基因。

D. Mmnn：这个个体的基因型中，M对m为显性，n对N为隐性。如果N、n这对基因是母体效应基因，那么由于母本是nn，子代就会体节缺失，与子代自身的基因型无关。而M、m这对基因没有母体效应，所以子代的Mm基因型不会导致体节缺失。但是，如果M、m这对基因是母体效应基因，那么由于母本是Mm，子代不应该体节缺失。因此，这个选项不能帮助我们判断哪对基因是母体效应基因。

综上所述，选项C可以帮助我们判断M、m这对基因是母体效应基因。

答案：C